ストレートに考えるなら、正体はそのままゲンナイで、 ゲンナイが暗黒の種、又は何かの影響でイグドラシルの意思のままに行動するように意思を操作されているという事だと思います。
もしくはヴァンデモン＝エージェント説ではありませんが、無印第45話の立体映像で見たピエモン襲撃の際
ゲンナイと同じように 暗黒の種を入れられたエージェントがゲンナイ以外にもいてそのエージェントがずっと暗躍していたのかもしれません。 （02ゲンナイは偽物説←そのうちまとめるかもしれません・・）

ただ、ゲンナイもしくはゲンナイと同じエージェントであるとするならば、何故人間界にいる時はカイザーのアバターでしか登場していないのか?という点が気になりますね。

ゲンナイの姿では元々現実世界にはリアライズ出来ないというのであれば説明はつくのですが、 02第39話にて光子郎が2台のPCを使いゲンナイの姿でリアライズしています。 おそらく世界中にいたゲンナイの仲間達の
リアライズは世界中の選ばれし子供達が光子郎と同じ様にゲンナイ達の指示でPC2台を使ってそれぞれリアライズさせていたのだと思います。

そう考えるとゲンナイの姿でリアライズ可能なはずですし、サプライズ演出という意味では3章でカイザーの正体明かしてあるので、 特に演出上でも彼の姿を隠す必要もないはずです。それなのに未だにカイザーの姿をアバターで使用している。 これは何か意味があるのでしょうか??

え？？なんでバクモン??
そもそも4章でリブートでバクモン蘇ってるじゃん？？ってなると思います。
正直可能性は非常に低いのですし、どちらかと言えば、6章のキービジュにウィザーモンが隠れているので、やはりテイルモンと関係ある 『ウィザーモン=姫川のバクモンの生まれ変わりでもあった』という事で
テイルモンも姫川も同時に救うようなシナリオが待ってるかもしれません。

ウィザーモンに関しては無印の設定でも別世界（ウィッチェルニー）から来ているんですよね。
なので、流れとしては

①姫川のバクモンがDWで生まれ変われなかったが、その後ウィッチェルニーで生まれ変わる
②禁断の書物を読んでしまうという罪を犯して偶然にもDWへ戻ってくることに
③その後テイルモンと出会って、1999年8/3テイルモンとヒカリの盾となり消滅
④2005年にリブートによりDWに回収され再構成。

テイルモンの出来事に関しての記憶は、メイクーモン同様別世界の存在の為記憶は健在でしょう。
ただ、姫川の事は覚えてない確率の方が高いですが・・
メイクーモンの事例から別世界の生き物は記憶は保持してもリブート効果は摘要されている事を考えると、
リブートでの再構成自体はウィザーモンにも適用されると思います。
となれば、展開的に色々色々面白いですけどｗｗｗｗｗ（ って話が全く別な方向に・・すみません。）

理由その1：人間とデジモンの心情のシンクロ

さて、本題の謎の男＝バクモンと思う根拠は何か?というと・・ 実はずっと気になってるシーンがあります。
それが、3章ラスト姫川とゲンナイがデジタルワールドで会うシーンでの

「感動の再会だ」

というセリフ・・ これストレートに考えるなら、子供達とデジモン達の再会の意味だと思います。
ただ、これが謎の男と姫川とのことを意味するとしたらどうでしょう?? 勿論姫川も子供時代ゲンナイにお世話になっていたと考える事も出来ますので「再会」には当てはまると思います。でも「感動の」となると・・少々疑問です。

むしろ、あれが姫川のバクモンの言葉とする方が、かなりしっくりきませんか？
ただし、姫川自身は『謎の男＝バクモン』とは気づいてません。

この状態では根拠もないので、もう少し、謎の男のその他のセリフをピックアップしてみます。
「お前は生まれてきてはいけなかった・・だがオレは、お前が生まれてくるのを待っていた」

さて、このセリフ謎の男がイグドラシルもしくは、宇宙外からの敵（アポカリモン）で無いとすれば、
メイクーモンが生まれてくることを、謎の男が待つ意味はなんでしょう??
やはり、世界を壊してリブートを起こさせることですかね??

ここで視点を変えて姫川の心情も見てみましょう。
彼女はバクモンを失ってからずっとバクモンを取り戻す方法を探していました。 そして、独自の研究により
大学時代に『リブート』という方法を発見しています。 しかし、あの時点でそれを行う力は姫川には無い
＝結局諦めるしかなかったようです。 その後、姫川は表向きではバクモンへの想いを断ち切り、全ての事に
割切って生きてるように描かれています。 しかし本当は・・

バクモンの事を、ずっと想っていました。

アドベンチャーの世界ではデジモンはもう一人の自分であり魂の片割れ的存在の設定で描かれてます。
だから思いを断ち切る・忘れる事など、到底出来るハズないんです。 パートナーを忘れる(失う）という事はつまり・・自分自身を忘れる(失う）という事でもあるのでしょうから・・・（02第23話から推察）

そんな姫川に1999年転機が訪れます。
①視察に行った研究所でのメイクーモン暴走
②普通のデジモンとは違うメイクーモンによる不可解なPCの異常
③更には、芽心によりメイクーモンの暴走をコントロールできること を知ることとなりました。

この一部始終を見て姫川はリブートを引き起こせる糸口を見つけたのではないでしょうか?
つまり、 姫川にとっては願ってもないデジモンです。 リブートを起こす為に必要な強大な力を持つ
デジモンが生まれてくるのを姫川としては待っていたわけですね。

だからと言って何故謎の男のセリフと繋がってくるのか?というと・・
先ほども書きましたが、アドベンチャーの世界でのパートナーデジモンというのは、「自分の魂の片割れ」「もう一人の自分」という位置づけなんです。 これを元に考えるならば、下記の2つの可能性がバクモンに
対して考えられないでしょうか?

①パートナーの人間のリアルタイムの心情や性格がダイレクトにパートナーデジモンに影響を及ぼす可能性
②パートナー同士が似た性格なら、そのデジモンはパートナーの人間と同じ思考で行動していく可能性

勿論、①の考えは、カイザー然り及川然り・・残念ながら、パートナー（人間）の心情が影響して
『パートナーデジモンの性格や行動に影響を与えた』というシーンはありませんでした。 とはいえ初進化のきっかけ等は、子供の成長や心の動きが大きく関係しているので、①の仮説を完全否定は出来ないと思います （ワームモンが賢の闇の心の影響を受けなかった理由等は、またの機会に書けたらいいなと思います）

①の仮説が無くとも、 少なくとも、お互いがお互いにもう一人の自分ですので、仮にバクモンが姫川と
似た者同士の性格であるならば、バクモンが姫川と同じ考えを抱き 無意識に同じ様に動く可能性は
十分出てくると思います。

勿論最初はバクモンとしては、結果的に生まれ変わることは出来なくなってしまったが、
大切なパートナー（姫川）を守ることが出来たので本望と思っていたハズです。
結果的にパートナーと別れる事になってしまったが、この決断は自分にとって正しかったと・・

しかし、仮にバクモンが生まれ変わることは出来ずとも魂だけの存在でずっとDWに生き続けていた場合、
姫川の以上に途方もない長い長い時を過ごすことになります。 （1999年8月までは現実世界の1日がDWでは約4年（1440日）・1年だと1440年。これだけ見ても途方もない年月です・・）
その間に、元の仲間のデジモン達と選ばれし子供達の楽しい姿を見たり、その裏で自分が消えてしまったことにより、 大切なパートナー（姫川）が辛い思いをしている姿を見る場面があったらどうでしょう？
少なくとも姫川はあの冒険の出来事に囚われ現在でも前に進めず、思い悩み苦しんでいます。

守ったはずのパートナーが結果的に不幸になってしまっていた。
そうなると自分が消滅し、結果的に姫川と別れた事を日に日に後悔していくようになっていくのではないでしょうか? あの時四聖獣の前に自分が出なければ・・ダークマスターズに対してもっと別の倒し方が・・

そして、そもそも
「なぜ、自分が犠牲になってしまったのか？」
「ホメオスタシスは何故自分だけ進化させてくれなかったのか??」等々。
様々な後悔と共に、答えの見つからない考えが姫川同様バクモンにも重なっていくのではないでしょうか?

無印の場合、テイマーズやセイバーズの様にパートナーは『友達』ではありません。
お互いがお互いに自分自身の一部なんです。似たもの同士で不思議と心がシンクロしているんですから、
普通の別れの辛いとか苦しい・悲しいとかとはわけが違うはずです。
02第23話で描かれたようにワームモンの死が賢自身の心の死であり、ワームモンが再生したことにより賢自身の心も再度誕生したように描かれていました。 コレが意味するのはそれだけパートナー同士の繋がりは、
必要不可欠で意味のある物なのだと言えます。

勿論テイマーズのジュリとレオモンの時のように普通の別れも人の心情に多大な影響を与えるくらい
辛く悲しいですけどね・・

そして、もう一度姫川に会いたい。あの頃に戻れるなら戻りたい・・
という姫川同様の気持ちがバクモンにも生まれてきたと考えると バクモンにとってもメイクーモンの存在と
効力を知れば、 まさに、姫川に会える為に必要なメイクーモンという存在が生まれてくるのを待っていた
という事になるのではないでしょうか??

ただおそらく現在では、お互いに気持ちはズレているとは思います。
だからバクモンが仮に謎の男の姿だったとした際、その事を姫川に打ち明けなかったのは、
彼は既にバクモンであってバクモンではないという事。 そして、バクモンが求めているのは小学生の頃の
姫川であって、今の姫川ではないという事だと思います。

※チョコモンが成長したウォレスの事を自分の探してるウォレスと認識できなかった02夏の映画前篇と
似てる展開。

理由その2：ヒカリとホメオスタシスのシーンより

さて、先ほどまではバクモンの心情が姫川の心情と同じように動いている観点と、謎の男の意味深なセリフ
から謎の男＝バクモン説を唱えましたが、別角度からもその説が浮上します。

というのも、5章でヒカリの中でホメオスタシスとヒカリが対峙していた時、間に謎の男も入っています。
何故謎の男はヒカリの中に干渉できたのでしょうか??
まず、ホメオスタシスがヒカリに乗り移る理由は、ホメオスタシス自身が物体化が出来ないため、自分の意思を伝える手段として使っているのです。 ただし、人間誰でも良いというわけではなく特定の人間にしか憑依できません。ま、簡単に言ってしまえば、ホメオスタシスは魂だけの存在という事ですね。

そして、バクモンも生き返ることは出来ませんでした。ただ「はじまりの街と転生原理」で解説しました通り、デジモンが消滅した際、 魂のデータと肉体のデータに分かれて回収されるのであれば、データの不具合によりはじまりの街に戻ることが出来なくなった魂のデータは物体化出来ないデータです。

つまりバクモンは現在ホメオスタシスと同じ状態のようなデータだという事ではないでしょうか?

ヴァンデモンが及川に憑依出来たのも、及川の闇の心がヴァンデモンと同調していたため憑依出来たと考えられます。 つまり肉体を持たない魂のデータであればホメオスタシスでなくとも、シンクロ出来る人間の中に入ることは可能ではないか?と思うのです。 （02での及川が話してるシーンの中で目の下に隈が出来てるシーンなどは特にヴァンデモンの方が喋ってると思われる←詳しい推察説明は今回省略）

バクモンに関してはテイルモン同様にホーリーリングを所持し、そしてパートナーである姫川はホメオスタシスの言葉を中継できる人間でした。こじつけで考えれば、姫川に似ているヒカリにバクモンがシンクロ出来る可能性は高いと思われます。

ただ、リブート後のバクモンが存在している事がやはり問題ですね。
仮にイグドラシルの力で謎の男はリブート効果を受けない＋ 回収出来なかったデジモンはリブートバックアップ用のデータが適用され復元する仕組みと考えれば、 ゲンナイの中のバクモンと4章のバクモンが同時に存在できると強引に考える事は出来ますが・・ 正直全然説得力が無いですね・・・

とはいえ、面白半分で考えてみたのですが、案外バクモン・・って線もあるかも???って話でした。
ま、パートナーデジモンがあんな変貌した性格になっちゃうって考えると、ちょっとショックだったり
しますし、リブート回避を見ると矛盾点もかなり多いですけどね・・

アポカリモンのカケラはメイクーモン以外にもメフィスモンにバラまかれていることから、他にも存在する
可能性は十分にあります。 それに、そもそもアポカリモンというのは概念であって実体は実はないのです。

無印53-54話に出てきた姿というのは、進化の過程で消えて行った種の、 無念だったというどこにも行き場のない思いを吸収する事で実体化していたにすぎない。
ましてや実体化が必要だった理由は、デジタルワールドをリセットするために必要だっただけでした。
（小説版デジモンアドベンチャー3巻P214・P221より）

改めて考えてみると、アポカリモンは『倒した』のではなくデジヴァイスの力で『封印した』に過ぎないのです。 つまり、太一達に再度封印されたアポカリモンは封印されてても実は『生きている』のだと思います。

おそらく概念である彼らを完全に倒すことなど出来ないのでしょう。 そのため暗黒の種を通じてアポカリモンがゲンナイに思念を送ったり、乗り移ったりすることも可能だと考えられます。
この場合メイクーモンに入っているアポカリモンのデータのカケラに関しては、実体化した時の物体化データの方と考えられます。

仮説4：イグドラシル説

イグドラシルも通常「イグドラシル＿7D6(9000型)」を使っており、真の姿を現すことはまずありません。
そのため今回は「イグドラシル＿7D6(9000型)」ではなくゲンナイの体に憑依している可能性もあります。 ただ、4章で「イグドラシルの意思さ・・」って言ってる所を見ると可能性は低いと思います。

仮説5：ピコデビモン・ヴァンデモン説

これは5章でゲンナイが太一達とメイクーモンを観戦してる時、逆さになってる姿みてなんとなくピコデビモンに似てるなぁ～っと。 3章では一部のシルエットにピコデビモンが出てきたりもしていましたので、ヴァンデモンが02で復活したように、 今度はピコデビモンが何かに絡んでくるかも??という話です。

仮にイグドラシル側につくデジモンがいるとするならば、やはり選ばれし子供に因縁の深い奴なのかな?
と思ったわけです。 ヴァンデモンが、魂だけのデータになった際に及川という宿主を見つける事で、憑依し
生きながらえた様に、 ピコデビモンとかがゲンナイの体を乗っ取ってるという事もあり得ると思います。

勿論その線で言うならべリアルヴァンデモンも50話にて倒されたように見えましたが、
仮に怨念のデータが生きていたりした場合はイグドラシルと結託し・・
といった可能性もあるかもしれませんね。